Le Bureau de l'OMS au Maroc collabore étroitement avec de nombreux partenaires dans le but de mettre en œuvre ses programmes le plus efficacement possible. Ses principaux partenaires et bailleurs de fonds sont :

Différents ministères ;

Le ministère de la Santé

Le ministère de l'Énergie, des Mines, de l'Eau et de l'Environnement

Le ministère de l'Agriculture et de la Pêche maritime

Le ministère de l'Intérieur

Le ministère de l'Éducation nationale

Le ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche scientifique et de la Formation des cadres (notamment les facultés de médecine et les institutions de recherche)

Le ministère de la Solidarité, de la Femme, de la Famille et du Développement social

Des organisations non gouvernementales (ONG) et des associations professionnelles ; et

Les différentes institutions, programmes et fonds du Système des Nations Unies.

Deux centres collaborateurs de l’OMS sont également situés au Maroc. Ce sont : 

   Le Centre Bouregreg de l'Office national de l’eau potable
   Le Centre psychiatrique universitaire Ibn Rochd

Enfin, le Centre Anti Poison et de Pharmacovigilance est un partenaire important du Bureau de l'OMS au Maroc.