Les flambées épidémiques représentent un autre défi sanitaire majeur au Soudan du Sud. Le paludisme, par exemple, demeure un problème crucial et la tuberculose est en augmentation. Le risque d’importation de poliomyélite s’accroît du fait des mouvements de population transfrontaliers. Bien que la prévalence du VIH au Soudan du Sud soit peu élevée comparativement aux pays du sud et de l’est de l’Afrique, elle est la plus élevée du Moyen-Orient et d’Afrique du Nord.
Face aux problèmes politiques que connaît actuellement le Soudan du Sud et à ses statistiques sanitaires médiocres, l’OMS s’engage à aider les populations touchées en fournissant des médicaments et des services de santé nécessaires à la survie. L’action de l’OMS dans ce pays est axée sur dix programmes prioritaires, dont le plus vaste est l’Initiative pour l’éradication de la poliomyélite. Ce programme favorise une réponse vigoureuse en cas de flambée épidémique par le biais de campagnes nationales de vaccination. L’OMS continue d’apporter son soutien au ministère de la Santé pour maintenir le statut d’exemption de poliomyélite dans l’ensemble des dix États du Soudan du Sud, tout en améliorant la couverture vaccinale antirougeoleuse chez les enfants afin d’endiguer la flambée actuelle.
L’OMS œuvre également dans les domaines de la préparation aux situations d’urgence et de l’action humanitaire, du renforcement du système de santé, de la lutte intégrée contre les maladies transmissibles et non transmissibles, et des soins de santé primaires. Principale institution sanitaire au Soudan du Sud, l’OMS aide le ministère de la Santé à coordonner le groupe Santé dans le pays.
Outre ces programmes, l’OMS fournit également des consultants pour soutenir le ministère dans les domaines des systèmes d’information de gestion en matière de santé, de la santé maternelle et infantile et des soins de santé primaires, de la salubrité de l’environnement, de la gestion de la chaîne d’approvisionnement, de la planification opérationnelle et de la santé mentale.