En raison de l'escalade du conflit, la couverture vaccinale nationale pour le premier trimestre de 2012 est passée de 95 à 80 %, et elle devrait encore avoir baissé depuis lors. Les problèmes rencontrés dans la mise en œuvre du programme national de vaccination comprennent les difficultés dans le maintien de la chaîne du froid (ce qui conduit à la destruction de vaccins) et le fait d’atteindre les enfants vivant dans des zones où l'accès est limité en raison du blocage des routes et des questions de sécurité. Nombre de véhicules utilisés pour la vaccination et l'approvisionnement ont été endommagés ou touchés, ce qui entraîne de graves pénuries de moyens de transport pour les vaccins.
Selon les estimations, 4000 agents de santé et volontaires participent à la campagne qui se déroule dans 13 des 14 gouvernorats du pays du 26 novembre au 10 décembre. Le gouvernorat de Deir El Zor n’a pas été inclus dans cette campagne car la majorité de ses résidents ont été déplacés dans d’autres lieux à l'intérieur du pays.
Le personnel de terrain travaillant pour la campagne a signalé que certaines zones où vivent les enfants sont inaccessibles en raison du conflit en cours. Othman Mohamed , agent de terrain et superviseur des équipes de terrain de Damas, a déclaré que malgré l'accès restreint, les équipes ont jusqu'à présent réussi à atteindre tous les enfants ciblés à ce jour. Huit équipes mobiles sont chargées des vaccinations à Damas, dont une équipe spéciale pour atteindre les personnes déplacées vivant dans des abris. Mohamed indique que 12 000 enfants en moyenne sont vaccinés quotidiennement par les équipes mobiles, ainsi que dans les centres de santé et les écoles maternelles de la ville.
Le ministère de la Santé a demandé l’aide de l'OMS pour la fourniture des vaccins dans les zones fortement touchées. L'OMS a distribué 650 000 doses de vaccins dans des zones d’Alep, d’Homs et de Damas rural où le ministère a restreint l'accès.
Trois jours après le lancement de la campagne, l'OMS a visité deux centres de santé et un point médical situé à Adraa, Damas rural, une zone d'hébergement de 200 000 personnes déplacées à l'intérieur du pays. L'OMS a signalé que, malgré la surcharge de travail extrême que connaissent les personnels de santé, la campagne dans les établissements a été bien gérée et les vaccins étaient disponibles et bien stockés. Près de 500 enfants fréquentaient ces établissements tous les jours, nombre d’entre eux n’ayant jamais été vaccinés auparavant.