Conformément au mandat de l’organisation, l’OMS en République de Djibouti intervient en majorité dans le domaine de la santé et son principal partenaire pour la mise en œuvre des activités est le Ministère de la Santé. La stratégie de coopération avec le pays guide les grands axes d’intervention de l’OMS à Djibouti. La dernière stratégie couvrait la période 2006-2011.

Le bureau de l’OMS à Djibouti élabore actuellement le nouveau document de stratégie, qui s’inscrira aussi dans le Plan-cadre du Système des Nations Unies pour le développement à Djibouti (UNDAF) pour la période 2013-2017.

La planification opérationnelle signée tous les deux ans avec le gouvernement de Djibouti couvre les aspects programmatiques des priorités en santé identifiées conjointement par les autorités nationales et par l’OMS. Elle se traduit par un appui technique au développement des politiques et des stratégies, ainsi qu’au renforcement du système de santé, des capacités des cadres et des institutions, grâce à des missions d’experts, des formations et des stages pour les personnels de santé, tant au niveau national qu’international.  

Les principaux programmes que l’OMS appuie directement à Djibouti portent sur :

les maladies transmissibles, avec une priorité pour le Programme élargi de vaccination, la surveillance épidémiologique, la tuberculose, le paludisme et le VIH/sida ;

le renforcement du système de santé,  les politiques sanitaires, les soins de santé de base, le système d’information sanitaire et la coordination des partenaires pour le développement ;

les maladies non transmissibles ;

la santé de la mère et de l’enfant ;

la promotion de la santé, les initiatives communautaires et les déterminants sociaux de la santé ;

la préparation aux situations d'urgence, leur gestion et l'atténuation des risques ;

le renforcement des ressources humaines pour la santé ; et

le soutien à l’École de médecine de Djibouti et à l’Institut supérieur des Sciences de la Santé.