Les programmes de santé mis en œuvre par le Bureau de l'OMS à Djibouti nécessitent le soutien financier de nombreux bailleurs de fonds. Les principaux d'entre eux sont:

USAID

Le Fonds central d'intervention d'urgence (CERF, Nations Unies)

L'État finlandais

L’État espagnol

Pour la réalisation de ses activités, le Bureau de l'OMS à Djibouti collabore également avec un grand nombre de partenaires.

Ce sont notamment les agences du système des Nations Unies dans le cadre du Plan-cadre des Nations Unies pour l'aide au développement (UNDAF) et des activités humanitaires. L’OMS collabore également avec des ministères : Santé, mais aussi Éducation, Enseignement supérieur, Environnement, Énergie et ressources naturelles et Promotion de la femme.

Dans le cadre de la lutte contre la sécheresse, l’OMS a financé à Djibouti un programme mis en œuvre par l’Union nationale des femmes djiboutiennes (UNFD), avec l'aide du Fonds central d'intervention d'urgence (CERF). Il s’agit d’un programme de détection précoce de la malnutrition chez les enfants de moins de 5 ans, dans la capitale et dans les régions de l’intérieur. La section Santé de l’UNFD se charge de la détection des ces enfants malnutris et les redirige vers le centre de santé le plus proche pour une prise en charge. Le programme a permis de sauver la vie de centaines d’enfants depuis sa mise en place.

Par ailleurs, suite à l’exacerbation de la crise de la sécheresse dans la Corne de l’Afrique et l’organisation de forums de coordination pour les activités humanitaires en aout 2011, l’OMS appuie le ministère de la Santé dans la gestion du Groupe de responsabilité sectorielle santé (« Cluster » santé), qui réunit plusieurs institutions et organisations non gouvernementales, dans le but d'une riposte rapide à la sécheresse. Outre le ministère de la Santé et des agences onusiennes, le Groupe comprend notamment l'ONG Action contre la Faim, l’ambassade de France,  MSF Suisse, Care et USAID. Il s’agit d’un groupe de partenaires qui se réunissent régulièrement afin de faire le point sur l’état sanitaire des populations touchées par la sécheresse. Les membres du Groupe planifient aussi ensemble les actions prioritaires à entreprendre et font le point des ressources disponibles et nécessaires. Le groupe se déplace également dans les endroits les plus touchés en apportant les soins de premiers secours nécessaires à la riposte rapide (kit de  médicaments,  tests diagnostiques rapides, kit de traitement de l’eau, solutions de réhydratation orale…).

Le Croissant Rouge de Djibouti est l'un des partenaires clés de l'OMS notamment dans la réalisation de l'évaluation externe de la campagne nationale de vaccination.