يهدف برنامج مكافحة أمراض المناطق المدارية والأمراض الحيوانية المصدر إلى الوقاية من أمراض المناطق المدارية المهملة ومكافحتها من خلال تقديم الدعم السريري لبرامج المكافحة الوطنية في التخطيط والتنفيذ والتقييم لأنشطة المكافحة. وينسق البرنامج أيضاً مع الهيئات الدولية لتعزيز مكافحة الأمراض والبحوث.

ترتكز إستراتيجة مكافحة أمراض الديدان الطفيلية على إعطاء جموعي للأدوية. وتتضمن أدوية الديدان الطفيلية كلاً من داء البلهارسيات (المُنْشَقَّات)، وداء الخيطيات الفيلارية (داء الفيل)، وداء كُلَّابِيات الذنب (داء العمى النهري)، والعدوى بالديدان الممسودة المنقولة بالتراب. و يتمثل الغرض من مكافحة داء التُّنَيْات في استئصال المرض عن طريق قطع سرايته. وإن من أمراض المدارية المهملة، مثل الجذام، ما يكافَح باستخدام المضادات الحيوية لمعالجة المرضى.

وتستند الإستراتيجة الحالية لمكافحة داء المثقبيات الأفريقي (داء النوم) وداء اللايشمانيات بشكل رئيسي على الكشف المنهجي للحالات والمعالجة الفورية للمرضى.